Een groot verschil tussen de Westerse visie op homoseksualiteit en seksualiteit in het algemeen en die visie in premodern Japan kan zijn oorsprong vinden in de religies. Boeddhisme werd al besproken (klik hier voor het vorige artikel). Twee andere belangrijke tradities uit die periode waren het Shintoïsme, een inheemse godsdienst met meerdere goden en geesten en het Confucianisme, een religie die werd overgenomen uit China. Voornamelijk Shintoïsme speelde een belangrijke rol in de aanvaarding van homoseksualiteit en andere seksuele handelingen in premodern Japan. Mede doordat het een inheemse religie is en het de meningen van de maatschappij beïnvloedde als het om seksualiteit en seks in het algemeen ging. Japanners hadden al een mening over deze maatschappelijke kwesties vooraleer ze in aanraking kwamen met Boeddhisme en Shintoïsme.

Toen de eerste missionarissen naar Japan kwamen in de zestiende eeuw, waren ze gechoqueerd door de homoseksuele relaties die ze zagen en het feit dat de Japanners deze niet probeerden te verbergen, maar als normaal beschouwden. Zoiets was gewoon niet denkbaar in de christelijke wereld en was iets wat de missionarissen niet konden aanvaarden. Ze omschreven het als sodomie.De Christenen die naar Japan vertrokken hadden een slecht beeld van een relatie tussen mannen en zagen het als een zonde, iets wat door God veroordeeld werd en wat ervoor zorgde dat ze niet in de hemel konden komen, maar in Japan hadden de religies niet zo’n negatieve visie op homoseksuele relaties en zagen de premoderne Japanners het ook niet als een zware zonde tegenover hun geloof of godheid. 

Shintoïsme was erg tolerant tegenover seksuele activiteiten. Dat ging (en gaat) dan niet enkel over heteroseksuele relaties, maar ook homoseksuele. Zo wordt er in Shintoïsme niet uitdrukkelijk iets tegen homoseksualiteit gezegd of geschreven. Sommige kunstwerken uit de Edo periode (1603 - 1868) tonen zelfs mannelijke goden die seks hebben met elkaar. In de Edo periode maakte homoseksualiteit deel uit van de populaire literatuur en kunst. Toen werd er verwezen naar de verhalen vanuit het Shintoïsme en de goden die relaties met elkaar aangingen. Er waren geen morele gevolgen voor de mannen die deelnamen aan homoseksuele activiteiten en er werden in Shintoïsme ook geen straffen of andere negatieve effecten beschreven.